Tiền thân của Trường Tiểu học Long Thạnh có tên là Trường Phổ thông cấp 1,2 Long Thạnh thuộc huyện Cần Giờ được thành lập từ trước năm 1975. Đến năm 1995, trường được tách ra và đổi tên là Trường Tiểu học Long Thạnh theo quyết định số 21/QĐ-UB, ngày 12 tháng 01 năm 1995 của UBND huyện Cần Giờ V/v Thành lập Trường Tiểu học Long Thạnh.